Odber pupočníkovej krvi vykonáva pôrodník alebo vyškolený zdravotnícky personál po narodení dieťaťa. Pupočníková krv sa odoberá do odberového vaku po podviazaní a prestrihnutí pupočnej šnúry. K odberu tkaniva pupočníka dochádza bezprostredne po odbere pupočníkovej krvi. Pupočná šnúra sa dôkladne dezinfikuje a cca. 20 cm z nej sa uloží do odberovej nádoby. Pri odbere tkaniva placenty sa odoberá celý orgán – placenta.